Aitoloakarnania a sok természetes és mesterséges tó, a lagúnák, a folyók az állat- és növényvilág sok fajának természetes menedéke. Az egyedülálló ökoszisztémákat nemzetközi egyezmények és programok védik. Evinos, Mornos és Achelous a prefektúra legnagyobb folyói, ezek látják el a mesterséges tavakat.